钢-混凝土组合梁的缺点主要体现在施工复杂性、材料协同工作难度、耐久性及特殊荷载下的性能局限等方面，具体如下：
施工过程复杂：钢-混凝土组合梁的施工需要精确安装抗剪连接件（如栓钉、槽钢等），这一过程增加了施工难度和工期。连接件的焊接加工需要专门的设备和技术，且部分连接件在钢梁吊装就位后还需进行现场校正，进一步提高了施工复杂度。
材料协同工作难度大：钢-混凝土组合梁由钢梁和混凝土板两种不同材料组成，其力学性能存在差异。在长期荷载作用下，钢与混凝土界面可能产生应力集中，导致滑移或竖向掀起，影响结构的整体性能。此外，不同材料间的协同工作性能也受施工质量和环境因素影响，增加了设计的不确定性。
耐久性维护成本高：钢-混凝土组合梁的耐久性受钢材腐蚀和混凝土碳化等因素影响。在恶劣环境下，钢材易发生腐蚀，降低结构的承载能力；混凝土板则可能因碳化导致钢筋锈蚀，影响结构的耐久性。因此，组合梁需要定期进行维护和检修，增加了长期运营成本。
负弯矩区性能局限：在连续组合梁中，中间支座处负弯矩的存在使混凝土板受拉开裂，导致截面抗弯能力和刚度降低。这不仅影响了结构的正常使用性能，还可能引发钢筋锈蚀等耐久性问题。尽管可通过加强钢筋配置或施加预应力等措施进行改善，但增加了设计和施工的复杂性。
特殊荷载下的性能局限：在车辆等疲劳荷载作用下，材料力学性能退化将导致组合梁产生显著的疲劳附加变形，影响结构的正常使用。此外，在爆炸、撞击等偶然荷载作用下，组合梁可能发生连续倒塌破坏，对结构的安全性构成威胁。
