钢管混凝土结构在具备诸多优势的同时，也存在一些需要关注的缺点，这些缺点主要涉及使用范围、节点连接、施工工艺、防火防腐、抗震性能及理论研究等方面，具体如下：
一、使用范围受限
钢管混凝土结构目前主要应用于柱、桥墩、拱架等受压构件中。对于受弯构件（如梁）或大偏心受压构件，由于矩形截面的钢管混凝土受力复杂，构造要求繁琐，且经济效益不佳，因此应用较少。此外，对于受拉构件，钢管混凝土更是无法体现其优势，反而不如钢筋混凝土和钢构件。
二、节点连接复杂
钢管混凝土结构的节点连接问题一直是工程应用和研究的关注点。由于钢管和混凝土的力学性能差异较大，节点处的受力分析复杂，且节点的形式不统一，这直接关系到建筑结构的安全性和工程造价。目前，虽然已有不少规程和研究提出了一些节点形式，但仍需进一步纳入设计规程，为钢管混凝土结构的推广应用提供基础。
三、施工工艺要求高
钢管制作与安装：钢管混凝土柱用的钢管焊接、制作要求较高，一般应优先采用螺旋焊管。若无螺旋焊接管，也可用滚床自行卷制钢管，但卷管的方向应与钢板压延方向垂直，且对管的内径有一定要求。
混凝土浇筑：钢管混凝土构件进行施工时，一般都是先安装空钢管结构，再浇灌混凝土。此时，空钢管需单独承受施工荷载，且浇灌混凝土时会在空钢管内产生动压力，可能导致钢管局部产生压力集中现象，严重时甚至使钢管胀裂。因此，需对钢管混凝土施工力学问题进行深入系统的研究，以提供合理的施工工艺和预防措施。
质量检测：混凝土的浇灌属于隐蔽工程，质量检测相对费时、费力。且由于混凝土泵送工艺、浇筑时混凝土泌水和沉降、养护时混凝土收缩和冷缩等多种因素影响，钢管混凝土结构较普遍存在不同程度的内部混凝土缺陷（如脱空缺陷），这进一步增加了质量检测的难度。
四、防火与防腐性能较差
钢管混凝土结构中的钢管外露，使其具有一般钢结构防锈、防腐蚀及防火性能较差的弱点。目前，对钢管混凝土结构采用的防火措施主要是外包混凝土或涂防火材料，但这些措施缺乏统一的科学依据，且可能影响结构的美观和使用功能。
五、抗震性能研究不足
目前对钢管混凝土结构的抗震方面研究主要集中于单一构件，而缺乏对整体结构的抗震研究。这可能导致在地震等极端荷载作用下，钢管混凝土结构的整体抗震性能无法得到充分保障。
六、理论研究有待深化
承载力计算：在对钢管混凝土承载力进行计算时，采用理想弹性塑性体的假设可能不合理，因为钢管混凝土构件的抗变形能力通常较强。
耐火极限计算：进行钢管混凝土构件耐火极限的计算时，若不考虑钢和混凝土之间的相互作用问题，则与材料的实际工作状态不符，得到的计算结果也不够准确。
动力荷载研究：对钢管混凝土在动力荷载作用下性能的研究主要以实验为主，缺乏深入系统的理论分析，这不利于全面了解动力荷载作用下钢管混凝土的性能。
